Chemically controlled unfolding of a RNA-like polymer model

Tipo di pubblicazione: Articolo su rivista
Tipologia MIUR: Contributo su Rivista > Articolo in rivista
Titolo: Chemically controlled unfolding of a RNA-like polymer model
Autori: C. Buzano;M. Pretti
Autori di ateneo:
Titolo del periodico: PHYSICAL REVIEW E, STATISTICAL, NONLINEAR, AND SOFT MATTER PHYSICS
Tipo di referee: Tipo non specificato
Editore: American Physical Society
Volume: 86
Intervallo pagine: 041913-1-041913-11
Numero di pagine: 11
ISSN: 1539-3755
Abstract: We consider a lattice polymer model of the two-tolerant type (i.e., a random walk allowed to visit lattice bonds at most twice), in which doubly visited bonds yield an attractive energy term (pairing energy). Such a model has been previously proposed as a rough, nonspecific description of the RNA folding mechanism. Indeed, the model predicts, besides the usual theta collapse, an extra transition to a low-temperature fully paired state. In the current work, we propose an extension of the model, in which a "micromolecular" chemical species can bind the polymer and locally forbid segment pairing. We investigate equilibrium thermodynamics in the grand-canonical picture, at the level of a Bethe approximation, which is, a refined mean-field technique, equivalent to the exact solution on a random-regular graph. The general trend we observe is that expected from the mechanism implemented in the model (increasing micromolecule concentration favors unfolding and lowers the transition temperature), but the resulting phase diagram turns out to be remarkably interesting and rich
Data: 2012
Status: Pubblicato
Lingua della pubblicazione: Inglese
Parole chiave:
Dipartimenti (originale): DISAT - Dipartimento Scienza Applicata e Tecnologia
Dipartimenti: DISAT - Dipartimento Scienza Applicata e Tecnologia
URL correlate:
Area disciplinare: Area 02 - Scienze fisiche > FISICA TEORICA, MODELLI E METODI MATEMATICI
Data di deposito: 24 Ott 2012 15:14
Data ultima modifica (IRIS): 15 Apr 2016 11:48:09
Data inserimento (PORTO): 17 Apr 2016 03:42
Numero Identificativo (DOI): 10.1103/PhysRevE.86.041913
Permalink: http://porto.polito.it/id/eprint/2503288
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