VDJSeq-Solver: In Silico V(D)J Recombination Detection tool

Tipo di pubblicazione: Articolo su rivista
Tipologia MIUR: Contributo su Rivista > Articolo in rivista
Titolo: VDJSeq-Solver: In Silico V(D)J Recombination Detection tool
Autori: Giulia Paciello; Andrea Acquaviva; Chiara Pighi; Alberto Ferrarini; Enrico Macii; Alberto Zamò; Elisa Ficarra
Autori di ateneo:
Titolo del periodico: PLOS ONE
Tipo di referee: Esperti anonimi
Editore: PLOS org
Volume: 10
Numero: 3
Intervallo pagine: pp. 1-26
Numero di pagine: 26
ISSN: 1932-6203
Abstract: In this paper we present VDJSeq-Solver, a methodology and tool to identify clonal lymphocyte populations from paired-end RNA Sequencing reads derived from the sequencing of mRNA neoplastic cells. The tool detects the main clone that characterises the tissue of interest by recognizing the most abundant V(D)J rearrangement among the existing ones in the sample under study. The exact sequence of the clone identified is capable of accounting for the modifications introduced by the enzymatic processes. The proposed tool overcomes limitations of currently available lymphocyte rearrangements recognition methods, working on a single sequence at a time, that are not applicable to high-throughput sequencing data. In this work, VDJSeq-Solver has been applied to correctly detect the main clone and identify its sequence on five Mantle Cell Lymphoma samples; then the tool has been tested on twelve Diffuse Large B-Cell Lymphoma samples. In order to comply with the privacy, ethics and intellectual property policies of the University Hospital and the University of Verona, data is available upon request to supporto.utenti@ateneo.univr.it after signing a mandatory Materials Transfer Agreement. VDJSeq-Solver JAVA/Perl/Bash software implementation is free and available at http://eda.polito.it/VDJSeq-Solver/
Data: 2015
Status: Pubblicato
Lingua della pubblicazione: Inglese
Parole chiave: deep sequencing analysis, lymphocyte rearrangements, diffuse large b-cell lymphoma (dlbcl), mantle cell lymphoma (mcl), v(d)j rearrangement, rna-seq data, clonal lymphocyte populations
Dipartimenti (originale): DAUIN - Dipartimento di Automatica Informatica
Dipartimenti: DAUIN - Dipartimento di Automatica e Informatica
URL correlate:
Area disciplinare: Area 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione > SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI
Data di deposito: 15 Gen 2015 14:51
Data ultima modifica (IRIS): 16 Mag 2016 15:18:47
Data inserimento (PORTO): 22 Mag 2016 15:18
Numero Identificativo (DOI): 10.1371/journal.pone.0118192
Permalink: http://porto.polito.it/id/eprint/2585559
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